接种室又称无菌室，是分离和移接菌种的小房间，实际上是扩大的接种箱。接种室分里外两间，里面为接种间，面积5~6m²，外间为缓冲间，约10~13m²。接种室房间的地板、墙壁、天花板平整、光滑，以便擦洗消毒；门窗紧密，关闭后与外界空气隔绝；房间设有工作台，以放置酒精灯、常用接种工具等；工作台上方和缓冲间天花板上安装能任意升降的紫外线杀菌灯和日光灯。一般紫外线消毒的时间需30min左右。为提高接种成功率，进入接种室要穿戴经过消毒的衣、帽。菌种制作大多采用接种箱操作。